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// Copyright 2014 M. Rizky Luthfianto.
// Licensed under the MIT license (http://opensource.org/licenses/MIT)
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use nalgebra::DMat;

lazy_static! {

// taken from https://github.com/seqan/seqan/blob/master/include%2Fseqan%2Fscore%2Fscore_matrix_data.h#L806
    static ref ARRAY: [i32;729]=[
         6,  -3,  -6,  -3,  -2,  -7,  -1,  -6,  -4,  -5,  -6,  -5,  -4,  -3,  -3,  -1,  -3,  -6,   0,   0,  -3,  -2, -12,  -7,  -2,  -3, -15,
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       -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15,   1
    ];

    static ref MAT: DMat<i32> = DMat::from_col_vec(27, 27, &*ARRAY);
}

#[inline]
fn lookup(a: u8) -> usize {
    if a == b'Y' {
        23 as usize
    } else if a == b'Z' {
        24 as usize
    } else if a == b'X' {
        25 as usize
    } else if a == b'*' {
        26 as usize
    } else {
        (a - 65) as usize
    }
}

pub fn pam40(a: u8, b: u8) -> i32 {
    let a = lookup(a);
    let b = lookup(b);

    MAT[(a, b)]
}

#[cfg(test)]
mod tests {
    use super::*;

    #[test]
    fn test_pam40() {
        let score1 = pam40(b'A', b'A');
        assert_eq!(score1, 6);
        let score2 = pam40(b'*', b'*');
        assert_eq!(score2, 1);
        let score3 = pam40(b'A', b'*');
        assert_eq!(score3, -15);
        let score4 = pam40(b'*', b'*');
        assert_eq!(score4, 1);
        let score5 = pam40(b'X', b'X');
        assert_eq!(score5, -4);
        let score6 = pam40(b'X', b'Z');
        assert_eq!(score6, -4);
    }
}